Февральская революция внесла коррективы в планы победы российской армии. Чтобы уберечь казаков от разложения, связанного с Приказом № 1, Шкуро вместе со своими подопечными отправляется на Кавказ. За боевые действия в этом регионе был произведён в полковники и назначен командиром 2-го Линейного полка Кубанского Казачьего Войска, а Георгиевская Дума присудила ему орден Святого Георгия IV степени, однако эту награду он не носил по личным убеждениям.
К осени 1917 года серьёзные боевые операции на фронте прекратились и начались брожения в казачьих частях. А в конце 1917 года бойцы получили приказ о демобилизации. Теперь казакам нужно было противостоять озлобленно настроенным революционерам, потому что они считали «Волчью сотню» царскими опричниками и при первой возможности устраивали самосуд. А на командира 26 декабря 1917 года было совершено покушение. Шкуро получил тяжёлое ранение, но чудом остался жив.
Полковник Шкуро был объявлен «злейшим врагом советской власти». Никто не стал бы возражать, если бы его предали «народному суду». В такой обстановке ему пришлось выехать в Порт-Петровск, затем в Кисловодск и жить там несколько недель по поддельным документам. С этого момента для тридцатилетнего полковника началась борьба против красных.
Формально на Кубани установилась Советская власть, но настроения в станицах были совсем другие. Казакам было сложно понять, что такое «рабоче-крестьянская власть» и как поступят большевики с их территориями. Кроме того, красные не могли простить казакам подавление мятежа 1905 года. В это же время к Кубани продвигались немецкие и турецкие войска, которые после подписания большевиками Брест-Литовского мирного договора заняли Дон и Украину. Создавалась тревожная ситуация.
Полковник Шкуро опять стал формировать казачьи полки для оказания сопротивления, за что был арестован по обвинению в контрреволюционном заговоре. Но и тут судьба оказалась к нему благосклонна. Военачальник Беленкевич, работавший в тюрьме, перепутал его фамилию с каким-то случайно арестованным матросом. Вскоре Шкуро оказался на свободе.
К 1918 году удалось сформировать несколько отрядов и начать активную фазу борьбы с большевиками на Кубани. Белые и красные фронты перемешивались, власть переходила из рук в руки по нескольку раз. В городах и станицах творился настоящий ад.
Тактика действий партизан была прежней: с налёта занимали станицы, устанавливали свою власть и быстро уходили. Следом шли советские карательные отряды и казнили всех причастных. Затем опять приходили белые и устанавливали свой режим. У мирного населения, по сути, не было выбора. Каждая из сторон конфликта стремилась уничтожить несогласных.
Можно найти разные свидетельства участия Шкуро в репрессиях. Журналист Н. Николаев так описывает его поведение на занятых территориях:
Также высказывалось предположение, что некоторые грабежи и насилия были инсценированы провокаторами из числа большевистских и петлюровских агентов. Они надевали казачью форму и бесчинствовали для устрашения населения, чтобы вызвать ненависть к белым казачьим полкам. Хотя, разумеется, теперь мы знаем, как работает пропаганда.
Однажды красные взяли в заложники жену Шкуро, которая активно поддерживала мужа и занималась благотворительностью, помогала раненым солдатам. Выставили ультиматум: «Сложить оружие и сдаться или она умрёт». Узнав об этом, полковник обещал лично вырезать семьи комиссаров, если с супругой что-нибудь случится. Это заставило захватчиков задуматься. А Татьяне Сергеевне Шкуро удалось бежать при содействии помощника.
Когда доходило до военных столкновений натиск казаков был бурный. Крутой нрав, сила духа и непримиримость в сражении давали им преимущество перед часто превосходящими силами противника. В результате партизанам удавалось отодвигать большевиков всё дальше и дальше. Некоторые города брали вовсе без боя. Например, Ставрополь взяли с помощью телеграммы, в которой кубанцы обещали обстрелять город из тяжёлых орудий. Большевистский гарнизон спешно покинул город. Никакого тяжёлого оружия у казаков, разумеется, не было. К середине осени 1918 года партизаны Шкуро контролировали двухсоткилометровый фронт.
Шкуро с партизанами продолжал ожесточенные бои уже в Донбассе. Пролетариат хотел отвоевать донецкий уголь. В это время Донские, Кубанские казаки, а также бойцы Добровольческой армии при нерешённых внутренних политических конфликтах объединились в борьбе с общим врагом. Кубанцы, как всегда, действовали дерзко. В результате им удалось взять Донецк и Луганск. А после трёхдневного сражения с повстанческой армией Махно, Шкуро удалось занять Гуляй-Поле. За эти бои он был произведён в чин генерал-лейтенанта. В сентябре 1919 года Шкуро, по обыкновению с налёта взял Воронеж. Путь к Москве был свободен.
Уставшие и пораженные болезнями части хотели отдыха от бесконечных сражений. К тому же после громких побед они перестали видеть прямую угрозу противника. Как оказалось, напрасно. Красная армия в это время получала подкрепление и поддержку Латышской и Эстонской дивизий. Допустить поход на Москву красные не могли. На встречу армии Шкуро выдвинулось конница Будённого. Шкуро получил приказ удерживать Воронеж любыми силами.
В это время на Кубани произошли события, которые определили исход сопротивления на Юге России. В тылу Вооружённых Сил Юга России развернулось повстанческое движение. «Махновщина» с новой силой ударила по белым. А Ставка не могла договориться с депутатами Кубанской Рады. Деникин отказался признавать самостоятельность Кубани в какой бы то ни было форме. Для усмирения «казачьего сепаратизма» генерал Врангель получил добро на введение войск в Екатеринодар. Этот факт не мог остаться без ответа со стороны казачества. Добровольческая армия стремительно теряла поддержку на Кубани.
Шкуро хотел как можно скорее покинуть Воронеж и отправиться на Кубань, чтобы усмирить казаков. Для этого у него было всё: авторитет, уважение и преданные ему люди. Возможно, планы по сглаживанию конфликта и переформированию казачьих частей могли бы реализоваться, если бы не вмешательство Врангеля. Он категорически не хотел видеть Шкуро на Кубани и добился его пребывания в Воронеже.
Тем временем в Воронеже уже несколько недель продолжались бои конницы Будённого и казачьих корпусов Шкуро и Мамантова. В результате в октябре 1919 года последние вынуждены были отступить. Фронт Добровольческой армии отошёл к Курску. А уставшие от бесконечных баталий солдаты начали дезертировать. 9 ноября генерал Шкуро сдал командование и уехал в тыл.
После небольшого отпуска в Кисловодске со своей семьёй Шкуро был намерен вернуться на фронт, однако, как и в случае с выездом в Екатеринодар, вмешательство Врангеля не позволило ему продолжить сражения в рядах Добровольческой армии. Ставка запретила Шкуро возвращаться на фронт, вести пропаганду и формировать новые части среди казачества.
Затем были и другие попытки бороться. Шкуро был назначен Командующим Кубанской Армией. Однако не новое назначение, ни попытки пополнить Кубанский Корпус новыми людьми не имели успеха. Добровольческая армия терпела поражение за поражением. Шкуро сохранял командование немногочисленными Донскими и Кубанскими частями, которые пытались оказывать сопротивление на Сочинском направлении, но в большинстве своём были убиты или взяты в плен. Лишь немногим частям удалось эвакуироваться в Крым. А там уже разворачивались военные действия между армиями Фрунзе и Врангеля. Красные взяли Крым за десять дней. Так закончилась карьера белого офицера Шкуро.
К началу марта 1919 года Северный Кавказ и Кубань были полностью освобождены от большевиков, а в результате соглашения с Доном были образованы Вооруженные Силы Юга России. Установилось единое командование в лице генерала Деникина.
Можно встретить и другое описание:
А сам Шкуро в своих «Записках белого партизана» писал:
Казачьи партизанские части на захваченном бронепоезде.
«…Плохо приходилось комиссарам, которые попадали в руки Шкуро. Но тёмных и, в сущности, одураченных людей он щадил. Мобилизованный член профсоюза, случайно попавший в красную армию молодой казак, какой-нибудь „комиссар народного образования“ из струсивших интеллигентов после встречи со Шкуро уносили воспоминания об оригинальной „банде“, которая не расстреляла без суда».
«Шкуро приносили на золотом блюде подарки — кто кольца, кто что, и он сумел околпачить, и 2−3 часа он таким образом поцарствовал в Кисловодске».
«Впоследствии, когда мой корпус был уже переброшен под Харьков, продолжали поступать жалобы на погромы, якобы производящиеся моими казаками. Но это бесчинствовали партизанские шайки различных самозваных атаманов, прикрывшихся моим именем для внешнего легализирования своей деятельности. Отнюдь не обвиняя огульно все еврейство в сотрудничестве с большевиками, я постоянно твердил казакам, что „не тот жид, кто еврей, а тот, кто грабит людей“»
